1、馬德里一份申請可指定在多個國家申請，如果不遇上單國審查意見或初審駁回或異議，采用馬德里商標國際注冊就可以節省一定的費用；但是如果遇到臨時駁回等情況還是必須按照單國的程序處理，要另外支付相應費用，可能比單國花費更多。

　　2、馬德里國際注冊不能進行查詢，如果在后期實質審查中由于近似或相同商標在有些國家被駁回，已交注冊費不會退；單國注冊一般都可進行在先近似查詢，減少駁回幾率。
　　3、馬德里國際注冊要求與國內基礎注冊一致，而我國商標審查準則與某些國家的審查準則有差異，所以通過馬德里申請遇到的答復審查意見和答復駁回的幾率要比單個國家的方式申請注冊高；而通過單國申請注冊可以由我公司的各國合作機構的律師在申請前進行在先的判斷和把關，盡可能提前排除商標申請過程中的障礙，減少以后遇到官方審查意見和駁回的幾率，以節約申請注冊時間和費用。
　　4、馬德里國際注冊必須基于一定的國內申請或注冊基礎；單國注冊一般不需要。
　　5、馬德里國際注冊僅有一份國際局核發的國際注冊證明而沒有直接證明商標權利的注冊證（絕大多數成員國不會單獨核發商標注冊證）；單個國家的商標注冊完成后都會核發注冊證直觀地表明在各國的商標權利。而馬德里注冊如需要在各成員國的注冊證，須委托當地的律師事務所辦理，費用不菲。
　　6、馬德里注冊效力具有不穩定性（中心打擊原則）。國際注冊五年后才能與國內注冊脫鉤，一旦國內注冊在五年內被撤銷，國際注冊也將被撤銷。所以，現在只要在我國拿到受理通知就可以指定其他的80多個國家，一方面降低了申請門檻，另一方面也增加了注冊的風險。